پروتکل: باران

داستان درباره‌ی شون توکینویـا است؛ دانش‌آموز سال دوم دبیرستانی که همراهِ مادر و خواهرِ کوچکش زندگی می‌کند.

بعد از مرگ پدرش در یک حادثه و آسیب دیدن خواهرش، او بازی‌ای را که با تمام وجود دوست داشت کنار می‌گذارد و حالا در یک کافه‌ی ورزش‌های الکترونیکی به نام "FOX ONE" کار می‌کند.

شون بیشتر وقتش را بین درس خواندن و کار پاره‌وقت می‌گذراند و در کنار آن با دوستان قدیمیِ هم‌بازیِ دوران کودکی‌اش وقت می‌گذراند.

اما ناگهان می‌فهمد که "FOX ONE" بدهیِ بسیار سنگینی بالا آورده است. برای پرداخت این بدهی، شون و دوستانش تصمیم می‌گیرند در "Xaxerion Championship" شرکت کنند و با بردنِ جایزه‌ی مسابقه، همه‌چیز را درست کنند.

شون با حسی از گناه دوباره به دنیای بازی‌های آنلاین برمی‌گردد؛ جایی که این بار باید روبه‌روی باکورتسو-کون قرار بگیرد—کسی که زمانی همراهِ او بازی می‌کرد.