کورو نیمه‌شب بی‌خبر سراغ نوگوچی می‌آید و از خطری عجیب برای مدرسه حرف می‌زند. هم‌زمان روایت‌های پنهان از نینجاهایی که در سایه تاریخ زندگی کرده‌اند، کم‌کم به تهدیدی بزرگ‌تر وصل می‌شود.