مدرسه به میدان درگیری نینجاها تبدیل شده و کورو بالاخره مجبور می‌شود جدی‌تر از همیشه وارد عمل شود. هم‌زمان چند دانش‌آموز در مسیرهای مخفی زیر مدرسه دنبال راه فرار می‌گردند و کم‌کم رازهای عجیب‌تری از دنیای نینجاها رو می‌شود.