بعد از گیر افتادن در گرداب، ساتوشی و دوستانش در جزیرهای عجیب از هم جدا میافتند؛ جایی که پیکاچو و بقیه پوکمونها باید بدون مربیهایشان راهی برای پیدا کردن هم پیدا کنند، آن هم میان سایههای غولپیکر و ناشناخته.