با ناپدید شدن چند شینوبی برگ، دهکده با حمله افرادی روبهرو میشود که زیر تأثیر چاکرایی ناشناخته به سلاحهای انفجاری تبدیل شدهاند. ناروتو و همراهانش تلاش میکنند بدون آسیب رساندن به قربانیان، راز این جوتسوی عجیب را پیدا کنند.
