دو سال از حمله سازمان CCG به کافه آنتیکو گذشته. با اینکه بهخاطر قدرتگیری بیشتر CCG، فضای توکیو بهشدت تغییر کرده، اما غولها هنوز هم تهدیدی جدی به حساب میان.
غولها حالا محتاطتر عمل میکنن، بهخصوص سازمان تروریستی آئوگیری تری، که بهخوبی متوجه شده CCG داره به تهدیدی واقعی برای بقای اونها تبدیل میشه.
برای پایان دادن به این بحران، CCG یک تیم ویژه به نام اسکادران کویینکس تشکیل میده؛ گروهی که شاید همون نیرویی باشه که CCG برای نابودی کامل غولهای توکیو بهش نیاز داره.
اعضای این تیم، انسانهایی هستن که با جراحی خاص به تواناییهای غولها دست پیدا کردن و حالا در عملیاتهای خطرناک برای از بین بردن این موجودات شرکت میکنن.
رهبر این گروه، هایسه ساساکی، یک نیمهانسان، نیمهغوله که زیر نظر بازرس افسانهای کیشو آریما آموزش دیده.
اما هایسه فقط چیزی نیست که به نظر میاد. خاطراتی ناشناخته و دردناک کمکم ذهنش رو تسخیر میکنن و آرامآرام بهش یادآوری میکنن که قبلاً چه کسی بوده.
این فصل، داستانی تیره، روانشناختی و هویتمحوره که گذشته و حال رو به شکلی بیرحمانه در برابر هم قرار میده.