آنا ساساکیِ نوجوان بهدلیل حملات مکرر آسم، دختری آرام، کمحرف و منزوی است و همین موضوع نگرانی زیادی برای سرپرستش ایجاد کرده است. به پیشنهاد پزشک، آنا را به روستا میفرستند تا هوای پاکتر و زندگی آرامتر به بهبود سلامتیاش کمک کند و ذهنش را آرام سازد. آنا که به طراحی علاقهی زیادی دارد، تابستانش را در کنار خاله و شوهرخالهاش در شهری کوچک نزدیک دریا میگذراند.
روزی هنگام پرسهزدن، آنا عمارتی متروکه به نام «خانهی مرداب» را پیدا میکند. اما خیلی زود متوجه میشود که این خانه آنقدرها هم خالی نیست؛ زیرا با دختری مرموز به نام مارنی روبهرو میشود. رفتار شاد و پرانرژی مارنی کمکم آنا را از انزوایش بیرون میکشد و آنا شبهای زیادی برای دیدن دوست جدیدش به آنجا بازمیگردد.
با این حال، مارنی رازهایی دارد که در نگاه اول دیده نمیشوند. هرچه زمان اقامت آنا در آن شهر به پایان نزدیکتر میشود، او کمکم حقیقت پنهان پشت دیوارهای خانهی مرداب را کشف میکند.
«خاطرات مارنی» داستانی احساسی از سفر یک دختر نوجوان بهسوی شناخت خود، دوستی و تابستانی است که برای همیشه در خاطرش باقی خواهد ماند.