یک دعوای ساده بین دبیرستان گینتاما و یاتو، کم‌کم تبدیل به جنگی بزرگ می‌شود و تاکاسوگی وسط ماجرا تنها می‌ماند. شینپاچی و بچه‌های ۳-Z تصمیم می‌گیرند به روش خودشان وارد شوند تا نگذارند همه‌چیز از کنترل خارج شود.