با ناپدید شدن شینرا و چند ستون، خاموشی گسترده توکیو را فرا می‌گیرد و خطر فاجعه بزرگ جدی‌تر می‌شود. گروهان ۸ برای یافتن سرنخ و جلوگیری از فعال شدن آماتراسو راهی قلب بحران می‌شود.