شینرا پس از سه ماه بی‌خبری به خود می‌آید و با تغییراتی روبه‌رو می‌شود که هیچ خاطره‌ای از آن‌ها ندارد. هم‌زمان ظهور ستون‌های مرموز و نزدیک‌تر شدن آدولا، وضعیت امپراتوری توکیو و اعضای نیروی آتش را پیچیده‌تر می‌کند.