ادوارد و آلفونس میان خاطرات تلخ گذشته، جنگ ایشوال و راز سنگ فلاسفه دنبال معنای اتفاق‌هایی می‌گردند که دورشان را گرفته. سایه هومونکولوس‌ها و نقشه‌ای بزرگ‌تر کم‌کم روی سفرشان سنگینی می‌کند.